Βορειοανατολικά της Χρυσούπολης βρίσκεται μια περιοχή που χαρακτηρίζεται από 20 μικρούς ως μέτριους υγρότοπους. Από αυτούς οι 7 μεγαλύτεροι θεωρούνται λίμνες και λιμνούλες. Συνολικά καλύπτει μια έκταση περίπου 20 τετρ. χμ. Η συγκεκριμένη περιοχή συνδέει οικολογικά και γεωγραφικά το Δέλτα του Νέστου, το παραποτάμιο δάσος και την κοντινή βόρεια ορεινή περιοχή. Κάτι που αντικατοπτρίζεται στο ευρύ φάσμα των βιοτόπων και την ποικιλία των ζωικών και φυτικών ειδών. Αυτή η μοναδικότητα στο Δέλτα του Νέστου σε συνδυασμό με τον δεύτερο σημαντικό παράγοντα, δηλαδή την γεωργία και την κτηνοτροφία, που ασκούνται στην περιοχή, δημιούργησαν έναν οικολογικά πολύτιμο χώρο. Λόγω των δεδομένων φυσικών συνθηκών και υπό την επίδραση της γεωργίας και της βόσκησης δημιουργήθηκε εδώ ένα πλουσιότατο μωσαϊκό που το συνθέτουν ξερολίβαδα, θαμνώνες, λόχμες δασικής βλάστησης, οπωρώνες, ελαιώνες, άλλες καλλιέργειες, καλαμιώνες, περιοδικά κατακλυζόμενες εκτάσεις και μόνιμες υδάτινες επιφάνειες γλυκού νερού Τα στάσιμα γλυκά νερά με τους καλαμιώνες και τις βαλτώδεις εκτάσεις που τα περιβάλλουν προσδίδουν στην περιοχή τεράστια οικολογική αξία, η οποία μεγιστοποιείται λόγω της γειτνίασής τους με ποικίλους ξηρότοπους (καρστικοί σχηματισμοί, ξηρά λιβάδια, πρίνωνες, βοσκότοποι κλπ.). Όπως ήδη τονίσθηκε, ένας ουσιώδης παράγοντας διαμόρφωσης της περιοχής είναι η γεωργία. Λόγω της μάλλον ήπιας μορφής χρήσης γης συνέβαλλε αποφασιστικά στην ποικιλότητα των βιοτόπων και των ειδών. Εδώ λοιπόν ο επισκέπτης δεν πλησιάζει απλά τη φύση αλλά προβάλλεται ένα αγροτικό τοπίο μεγάλης οικολογικής αξίας, που μαρτυράει την αρμονική συνύπαρξη φύσης και ανθρώπου. Το ότι στα πλαίσια μίας και μόνο έρευνας βρέθηκαν πάνω από 400 είδη φυτών, επιβεβαιώνει την πλούσια χλωρίδα της περιοχής των Λιμνών της Χρυσούπολης. Οι λίμνες με τους καλαμώνες τους είναι εν μέρη καλυμμένες με εντυπωσιακά χαλιά από Νούφαρα (Nymphea alba).15 είδη ορχιδέων καταγράφηκαν στην περιοχή. Αυτός ο αριθμός αντιστοιχεί στο 43% των ειδών της ευρύτερης περιοχής. Π. χ. Limodorum abortivum και τα υβρίδια Orchis morio x papilionacea και Serapias vomeracea ssp. longipetala x bergonii. Ο συνδυασμός των δέντρων και θάμνων της περιοχής μοιάζει στις ψηλές θέσεις με αυτόν του ορεινού όγκου, χαρακτηριστικά είναι το Πουρνάρι, το Παλιούρι, η Γκορτσιά, ο Γαύρος και η Δρυς η χνουδωτή (Quercus pubescens) κ.α.. ενώ στις χαμηλές θέσεις βλέπει κανείς το παραποτάμιο δάσος, Ιτιές, Λεύκες κ.α. 13 είδη ψαριών του γλυκού νερού παρουσιάζονται στα νερά των λιμνών. Η παρουσία των ειδών όπως Leucaspius delineatus, Rhodeus sericeus amarus και Cobitis stroumicae αποδεικνύει την ακόμη καλή ποιότητα νερού στην περιοχή και υποδηλώνει οικολογικά αμόλυντα νερά. Όπως η πανίδα των αμφιβίων έτσι και το μεγαλύτερο μέρος της πανίδας των ερπετών της συνολικής περιοχής ενδημεί και στην περιοχή των Λιμνών της Χρυσούπολης, ή κυρίως σ΄αυτήν. 8 είδη αμφιβίων και 12 είδη ερπετών παρατηρήθηκαν στην περιοχή της Αλατζάγκιολας. Την χρονική περίοδο 1981 έως 1995 έχουν καταγραφεί στις λίμνες της Χρυσούπολης συνολικά 211 είδη πουλιών. Από τα αναπαραγόμενα είδη ξεχωρίζουν ο Μικροτσικνιάς (Ixobrychus minutus), ο Πορφυροτσικνιάς (Ardea purpurea), η Πετροτριλίδα (Burhinus oedicnemus), το Ορτύκι (Coturnix coturnix), ο Καλαμόκιρκος (Circus aeruginosus) και η Χαλκοκουρούνα (Coracias garrulus), ενώ η περιοχή είναι σημαντικός χώρος διατροφής για τους πελαργούς. Τον χειμώνα συγκεντρώνονται εδώ μερικές δεκάδες Λαγγόνες (Phalacrocorax pygmeus) για διατροφή, ενώ έχουν παρατηρηθεί να κυνηγούν σε τακτική βάση ο Χρυσαετός (Aquila chrysaetos), το Διπλοσάινο (Accipiter gentilis), ο Πετρίτης (Falco peregrinus) και Όρνια (Gyps fulvus). Παραδείγματα από την πανίδα των θηλαστικών που βρίσκουν εδώ τον κατάλληλο βιότοπο είναι το Τσακάλι, ο Ασβός, η Αλεπού, η Νυφίτσα, το Κουνάβι κ.α.