Roma İmparatorluğu Dönemi’ne ait olduğu tahmin edilmektedir. Arkeolojik kazılarda, devasa ve çok katlı bir saray ve tepenin çevresinde inşaa edilmiş heybetli bir kale keşfedilmiştir. Kalenin surlarının genişliği 2,8 m dir. Kale surları içerisinde, tapınaklar ve konutlar inşaa edilmiştir. Megalitik sit, tarih boyunca, birçok kez harabe olup, yeniden inşaa edilmiştir. İnsan faaliyetlerine dair ilk izler, Kalkolitik Döneminin son yıllarına - 4 üncü yüzyıl M.Ö.- insanların bölgedeki Kaya’ya tapmaya ve ona bağışta bulunmaya başladığı döneme aittir (Megalitik Kültür). Bulguların en önemlileri Tunç Çağı’na aittir ve birçoğu, neredeyse oyulan kayaların aralarında ve çukurlarında bulunmuştur. Kırmızı hamur ile boyanmış ve kazınmış çizgiler ile süslenmiş, seramik parçaları bulunmuştur. Garafit ile dekore edilmiş diğer parçalar, dönemin daha tipik örneklerindendir. Tapınma tabloları gibi eşsiz eserler ise, kilden yapılmıştır. Buluntular arasında idol parçaları ve keklik figürlü bir kap da bulunmaktadır. Muhtemelen rahiplerin kullandığı, halüsinojenik ilaçlar, bu kaplarda saklanmaktaydı. Kalkolitik Döneme ait, sileksit yapımı, birçok büyük boy bıçak bulunmuştur. Bunlardan bir tanesi 20 cm uzunluğundadır. Uzmanlar, bu metaryelin sadece Kuzeyanadolu Bulgaristan’da bulunduğu kanısındadır ve pahalı bir madde oldğundan, Doğu Rodop Bölgesinde yoğun olarak bulunan, altın külçeleri ile değiş tokuş edildiği düşünülmektedir. Aynı zamanda, küçük boyutlu yarı değerli taşlar ile süslenmiş üçgen, 15 kültlük, ok koleksiyonu eşsizdir. İtina ile yapılımış tarafları ile iki "kalapesti" ekseni de bu koleksiyona dahildir. Taş yapılı sitenin gelişimi, Tunç ve Demir Çağları esnasında da devam etmiştir. Perperikon Sit’inin ilk altın çağını, Geç Tunç Dönemi (16 -11 yüzyılları M.Ö.) esnasında yaşadığına dair, ciddi bulgular bulunmaktadır. Bu dönem, Girit – Miken Uygarlığı dönemidir. Geç Tunç Devri’nin Anjiyoplastisi, son derece ilgi çekici olup, birçok buluntu parçaları ve değerli kaplar ile temsil edilmektedir. Bu kapların bir kısmı küçük iken diğerleri ise, kavisli kollu ve uzun olup dönemin karakteristiklerini taşımaktadır. Seramik dekorda ise, dönemin dekor tekiniği olan "furhenshtih" uygulanmıştır – Oyuk kısım güzel resimler ile dekore edilmiş ve beyaz kontür ile tamamlanmıştır. Bu figürlerin arasında, Güneş ve sembolleri bulunmaktadır. Örneğin; beş köşeli yıldız, gamalar vb gibi. Yapılan kazılarda, Marmara Denizi kıyılarından getirtilen, 18 yüzyıl M.Ö. ait olan, seramik parçaları geşifedilmiş ve uygarlığın ilk sembolü olan, ticaret bulgularına rastlanmıştır. Taş yazıt parçası üzerinde bulunan ve günümüze kadar hayatta kalan, Orta- Güney Girit Bölgesi’nde kullanılan, üç A yazı alfabesi, karakterleri ilgi çekmektedir. Bu yazıt, 15 – 14 yüzyıllarında, Akdeniz’de kullanılan, en eski metinlerden bir tanesidir. Dışarıdan anlaşılabilir görünse de, dil kavramı anlaşılması güç bir kavramdır. Yakın döneme kadar, A yazı alfabesinin sadece, Girit ve çevre adalarda kulanıldığına inanılmkataydı. Perperikon’da bulunan yazıt, kutsal toprakların ve büyük Miken ve Minos uygarlıklarının arasında, daha yakın bir bağ olduğu konusunu gündeme getirmiştir. Geç Tunç ve Erken Demir Dönemleri esnasındsa, tepede bulunan ibadet mekanlarının güçlü gelişimi, Perperikon’u etkileyici bir tapınak bölgesine dönüştürmüştür. Araştırmacılar, bulguları göz önünde bulundurarak Perperikon’un, eski yıllarda tanrı Dionisos’un geleceğe dair kehanetlerde bulunduğu konumda inşaa edildiği tahmin edilmektedir. Yunan tarihçisi Heredot, Rodop Bölgesinin tapınağı hakkında yazmıştır. Heredot, Pers Kralı Xerxes’in Yunanistan’a doğru olan güzergahını (5 yüzyıl M.Ö.) tarif etmekte ve bu güzergahın Ege Denizi’nde, Aleksandrupoli ve Kavala şehirleri arasında olduğunu iddia etmektedir. Pers Hükümdarı, bu bölgede bir kamp kurmuş ve Trakya Bölgesi içlerinde yaşayan, birçok kabileden elçi kabul etmiştir. Rodop Kutsal Dağı elçileri, Pers Hükümdarının huzuruna çıkmayı reddetmişlerdir. Trakya Bölgesi’nin en liberal kabilesi olduklarından, yabancı güçleri asla kabul etmemişlerdir. Onlar, Dionisos Tanrısının ünlü tapınağını koruyan, dağcılardır. Bu kutsal tapınağı koruyan rahiplere Bassi denmekdeydi (daha sonra bu isin tüm Satri’ler için kullanıldı). Burada bir kahin yaşamakta ve kehanetleri Delfus’da Apollon Tapınağında yaşayan, ünlü rahibin kehametlerinden pek farklı değildi. İkinci kanıt Romalı tarihçi Suetonius’dan gelmektedir. İlk Roma İmparatoru olan Augustus’un (63BC-14AD) bir seferini anlatmaktadır. Komutan, ünlü Dionisos Tapınağını, Eski Trakya Bölgesine savaş seferine çıktığında ziyaret etmiştir. Suetonius tapınağın bulunduğu konu tam olarak tarif etmese de, yapılan ritüeli tüm detayları ile anlatmıştır. Suetonius göre; ilk olarak, büyük yuvarlak bir sunağın şçşne şarap boşaltılmış ve sonra şarap yakılarak ateş çıkması sağlanmıştır. Bu ateşin büyüklüğü, gelecek hakkında bilgiler vermekteydi. Romalı yazar Macrobius, sunağın büyük bir oval odada olduğunu belirtmektedir. Bu ritüel, şarap – ateş adını almaktadır ve diğer tanrı Dionisos tapınaklarında da uygulanmaktadır. Suetonius, babası Augustus’un, oğlunun dünyayı fethedeceği kehanetini aldığını söylemiştir. Bundan önce bu kehaneti sadece bir kişi almıştır – o kişi Büyük İskender’dir ve Asya’yı fethetmek için yola çıktığında verilmiştir. Diğer Romalı tarihçi Dio Cassius, kaptan Marcus Licinius Crassus’un güzergahını anlatmaktadır 29- 28 M.Ö.. Kaptan, bizzat İmparator Augustus tarafından gönderilmiş ve Bessi’lerden kutsal Dionisos Tapınağını alıp, diğer Trakya kabilesi olan Odrisses’lere vermiştir. Bu savaş tapınak için, iki büyük Trakya kabilesi arasında, 11 yüzyıl M.Ö. olmuştur. Bu bilgi, Perperikon tapınağının konumu hakkında önemli bir kanıttır. Çünkü, bilindiği üzere, Bessi ve Odrisses kabilelerinin sınırları, Karacaali’nin doğusunda bulunmaktadır. Bir bulgu, ünlü tapınağın tarifi ile çakışmaktadır. Perperikon’un kuzeybatı kesiminde, devasal bir salon keşfedilmiştir. Salon oval olup, 25 m çapa sahiptir. Duvarlar, özensiz inşaa edilmiştir. Salonun merkezinde, yaklaşık 2 m çapında ve zeminden 3 m yükseklikte, mükemmel bir sunak bulunmaktadır. Yüzeyinde çok sayıda, yarı daire şeklinde, çukurlar bulunmuştur. Bu çukurlar, kayanın yözeyine, seramik parçaları ve M.Ö. 3 -1 yüzyılına ait Roma sikkeleri ile kazınmıştır. Sunağın kuzeydoğusunda, neredeyse dörtgen bçr platform bulunmaktadır. Bu platform, kaya yüzeyi kazınarak yapılmış ve rahiplerin ibadet eylemleri için kullanılmaktaydı. Bu ibadet mekanizmasına ulaşılabilmek için yine, oyularak yapılmış, 100 m koridor bulunmaktadır. Bu koridor, klasik bir "tapınak yolu" olup, aynı zamanda tepenin güney yamacından, saraya çıkmaktaydı. Geçitin genişliği 3-4 m olup, etrafını çevreleyen kayalar, yer yer 7-8 m yiksekliğe ulaşmaktadır. Tüm Perperikon Bölgesi, eğri ve oyulmuş çukurlu kayalarla kaplıdır. Bu çukurlar, sıvıların boşaltımında kullanılan kanallardır. Bu çukurlara "sharapana" denmektedir ve ritüellerde kulanılan kutsal şarabın yapımı için, gereken üzüm suyunu elde etmek için kullanılan preslerdir. Zaten şarap üretimi, Dionisos tanrısına tapınmak ile doğrudan bağlantılıdır. Helinistik Dönem esnasında, (4 üncü -1inci yüzyılları M.Ö.), tepede dinsel ve sosyal faaliyetler azalmıştır. M.S. 45 yılında, tüm Trakya Bölgesi Roma imparatorluğu tarafından fethedilmiştir. Güçlü bir Romanizasyon süreci başlamıştır. Perperikon Bölgesi de bu sürece dahil olmuştur. 1 inici- 4 üncü yüzyıllarda, oyulmuş yapılar, klasik bir görünüme sahip olmuştur. Taşlık zirve, surları 2,8 m genişliğinde olan, güçlü bir kale - Akropol tarafından korunmaktadır. Kalenin, dönemin ilk on yıllarının başında inşaa edilmiş olaması fakat, Roma Döneminde yeniden hayata kavuşması ve daha da güçlendirilmesi ihtimali daha yüksektir. Kalenin her iki suru da, büyük kaya parçalarından inşaa edilmiş ve ön cepheleri mükemmel olarak oyulmuştur. Dörtgenlerin iki sıraları arasında moloz taşları bulunduğundan, içerisi mükemmel olarak muhafaza edilmiştir. Günümüze kadar Akropolün iki giriş kapıları incelenmiştir ama geçmişte en az iki tane daha olduğu tahmin edilmektedir. Geç Tunç Devrinde inşaa edilen Güney Giriş Kapısı, özel ilgi görmektedir. Kayalar oyularak yapılmıştır ve ulaşılabilir olması için sert taşlı merdiven gerekmektedir. Surlar toplu olarak büyük kaya parçaları ve kireç taşları ile inşaa edilmiştir. Kayalar aralında küçük mesafelerle sıva kullanılmadan inşaa edilmiştir. Bu inşaa tarzına Kiklopik duvar denir. Güney Giriş kapısı, antik çağda birçok kez tekrar inşaa edilmiştir ve Orta Çağda, ön cephesine inşaa edilen bir duvarla bloke edildiğinden kullanılamamaktadır. Tepenin Güney ve kuzey yamaçlarında, birçok tapınağa ve yapıya sahip olan, büyük yerleşim alanları gelişmiştir. Tüm yapıların zemin katları kayalar, oyularak inşaa edilmiştir. "Küçük Saray" olarak tanınan yerleşim alanı, dikdörtgen bir yerleşim alanıdır ve uzunluğu 28 metre olup, eni net olarak hesaplanamamaktadır. Sarayın güneyden ve kuzeyden olmak üzere iki ritüel girişi bulunmaktadır. İçerisinde 17 tesis bulundurmaktadır. Bu sarayın, Roma İmparatorluğu tarafından perperikon"un verildiği, yardımcı Roma valisine ait olma ihtimali yüksektir. Bu saraydaki önemli detaylardan bir tanesi, 30 metre uzunluğundaki ve doğu avlusunda bulunan, amfitiyatrodur. Batı cephesinde tamamen kayalara oyularak inşaa edilmiş doğu cephesine doğru ise, iki kaya parçası ile desteklenen, ahşap kirişler ile devam etmektedir. Tören salonu girişi, beş basamaktan oluşan bir merdivenden ve saray muhafızları taarafından korunan, çift kanatlı kapıdan oluşmaktadır. Sarayın doğu ve batı cephelerinde bulunan ve kayaların yüzeyleri altında derine gizlenmiş olarak, iki açık önbellek bulunmaktadır. İlkinde 15, diğerinde ise 5 adet lahit bulunmaktadır. Her biri taş levhalar ile oluşturulmuştur. Ne yazık ki antik çağ döneminde, lahitler çalınmış ve içinde bulunanlar halen, araştırılmaktadır. "Saray" ve "kilise" terimlerinin birbirinden ayrılmaması gerektiğinin altı çizilmelidir. Trakya yöneticisinin aynı zamanda, ülkenin baş rahibi olduğu bilinmektedir. Kilisesi, ikamet ettiği bölgenin kilisesiydi. Avlunun kuzey bölümünde devası, taş yapı ve kayaya kazınmış olan, bir taht bulunmaktadır. Tahtta ayak ve kol kısmları için birer basamak bulunmaktadır. Güneybatı tesisleri «lutra (banyo)» olarak adlandırılmışlardır. Çünkü, yüzeysel singlinalar taşa oyulmuş olarak, bankların yerini almıştır. Tören salonunun altına bulunan, bodrum katında bulunan, devası silindir şeklindeki yatak, büyük ilgi görmektedir. Yiyecek ve diğer objelerin üst katlara ulaştırılması için kullanılan, yükseltme mekanizma olması ihtimali yüksektir.378 yılında, Trakya ve Bizans Balkan sınırlarını işgal eden Got kabilesi, tüm Rodop Bölgesi ile birlikte ortaya çıkmıştır. Perperikon Bölgesi, bu zorlu yıllarda işgal edilmiş ve yakılmıştır. Surların bir kısmı hasar görmüş ve birçok tapınak ve yapı yanmıştır. Şehir, 5 inci - 6 ıncı yüzyıllarında tekrar inşaa edilmiş ve Hristiyanlığın hakimiyetinden sonra, tepede kiliseler boy göstermiştir. Buluntulardan en önemlilerinden bir tanesi, o döneme ait olan ve tepenin zirvesinde bulunan su deposunun yakınında bulunan, mükemmel nefli bazilika kilisesidir. Kilisenin uzunluğu 17 metre olup iyi yontulmuş taşlardan inşaa edilmiştir. İlk dönemler zemin, masif taş plakalar ile kaplıydı. Sunakta bulunan ve sintron olarak adlandırılan yerler kurtarılabilinmiştir. Ainler esnasında, bu yerlerde, üst düzey din adamları oturmaktaydı. Rahibin vaaz verdiği yerde, mükemmel bir episkop taş minderi, buluntular arasında yer almaktadır. Neredeyse zamandan hiç etkilenmemiştir ve taşlı oymalar ile zengin bir şekilde süslenmiştir. Açık kanatlı kartal figürü, kayanın üzerinde net olarak fark edilmektedir. Aynı zamanda, üzrinde 5 adet yunan yazıtı bulunmaktadır. Yazıtlar günümüze kadar çevirilememiş olmasına rağmen, arkeologlar, ain metinleri olduklarını tahmin etmektedirler. Rodop Bölgesinin nüfusunun hristiyanlaştırılmasının, Perperikon"dan başladığı düşünülmektedir.Hristiyanlaştırılma, Nickita Remesianski tarafından, 393 yılından 398 yılına kadar olmuştur. Eğer bu ihtimal doğru ise, kutsal kitapların Bessi diline çevirilmiş olması gerekmektedir. Bu dinin halk tarafından, daha kolay anlaşılması ve kubullenilmesi için yapılmıştır. Bu çevirilerin, bazilika yanında bulunan yapılarda, yapılmış olma ihtimali yüksektir. 7 inci yiyılın başlarında, Perperikon bölgesi neredeyse terk edilmiştir. Kazılarda bulunan ve dini karaktere sahip olan bazı tablolar, o dönemle alakalıdır. Temaları, sembolik "hanım" oyunu olmakta ve kadın cinsel organlarının, ritüel göstergeleridir. Son tablo muhtemelen, Türk doğurganlık tanrıçası olan Umai resmedilmiştir. Bu çizimler, prabalgari ve Kuber ile bağlantılıdır. Perperikon Kalesi"nin önemi, 7 inci ve 14 üncü yüzyıllarında, yeni Ohri Birimi kurulduğunda, tekrar artmıştır. Çok kısa bir sürede, yoğun çalışmalarla, eski şehirler yeniden inşaa ve restore edilmiş ve Ohri"nin alt yapısı olmuştur. Perperikon"un Bizans adı Hyperperakion idi. Perperikon"un önemi, 13 ve 14 yüzyıllarında ciddi derecede artmıştır. 1339 yılında, Ekümenik Patrikhanesi"nin gönderdiği bir mektupla, eski Ohri bölgesi dahil edilmeme şartı ile, piskopluk merkezi olarak belirlenmiştir. Perperikon"un zenginliği, Bulgaristan ve Bizans devleti arasında, birçok çatışmaya neden olmuşturç Bu iki devlet, Doğu Rodop bölgesi için, sürekli bir rekabet içerisindeydi. Kalogian ve İvan Asen ΙΙ kırallıkları döneminde bu topraklar, Bulgar sınırları içerisindeydi, fakat varisleri tarafından kaybedildi. 1254 yılında, çar Mihail Asen, Ohri bölgesini tekrar geri almaya çalıştı. Perperikon ve diğer şehirleri ele geçirdi fakat, kalenin kuşatmasında başarısız oldu ve Bulgarlar geri çekilmek zorunda kaldı. Kazılara göre, 12 ve 14 yüzyılları arasında, Perperikon"da hayat yoğundu ama antik çağdaki, lükse sahip değildi. Antik arga tapınağının harabeleri üzerine, kayanın doğu bölümünde, yeni bir kilise inşaa edildi. Bu kilise tamamen taş parçacıkları ve güçlü beyaz sıva ile inşaa edilmiştir. Ölçüleri orta seviyededir 06.05 - 03.06 m. Koridorlu bir kilisedir. Yakınlarda bulunan büyük ölü şehir, bölgenin nüfusu ile ilgili önemli bilgiler vermektedir. Birçok seramik objeler ve sikkeler bulunmuştur. Çok nadir olan ve bu döneme ait olan, kral Alexander"in gümüş sikkeleri, Perperikon bölgesindeki kısa dönemlik hükümdarlığının da göstergesidirler ve yoğun ilgi görmektedirler. Bu dönemde, bir kale daha inşaa edilmiştir. Deponun en yüksek tarafında, güçlü bir kale bulunmaktadır. Kuşatma esnasında, son seçenek olmak üzere inşaa edilmiştir. Perperikon"un doğu girişi tarafındadır ve iki kule ile çevrilmektedir. Ana giriş, eski batı girişinin bulunduğu konumda, devası oktahedral bir kuledir ve 12 inci yüzyılın sonlarında inşaa edilmiştir. Kule boştur ve hakkında birçok efsane vardır. Surlar, iyi durumda muhafaza edilmiştir ve yükseklikleri 7 ve 8 metre arasında değişmektedir. Kule bir savunma ünitesiydi. Kalenin kuşatıldığı dönemlerde, hayatta kalan ve kendi savunan halkın barındığı burçtur. 14 üncü yüzyılda, Osmanlı Türkleri Balkanlara girdiğinde, Akropol yerel nüfusu koruyacak ve savunacak durumda değildi. Öncelikle merkez kale işgal edildiğinden, kendini savunan yerliler, güçlü kalelerin surları ardında mahsur kalmışlardır. Zorlu muharebe, ardında yüzlerce ok, mızrak, kılıç ve hançer izleri bırakmıştır. Türkler kaleyi feth ettikten sonra, bir süre orada duraklamışlardır. 14 üncü yüzyılı son yıllarını aşmayan birçok gümüş Osmanlı sikkesi bulunmuştur. Kale, Bulgaristan"ın kuzey ve kuzeydoğu bölgelerinin şehirlerine yapılacak seferlerin, organize edilmesi için gerekliydi. Seferlerin tamamlanması ile kale, artık gereksiz olduğundan Osmanlılar tarafından, terk edilmiştir. O dönemden sonra antik şehirde hayat eski canlılığına dönememiştir fakat, birçok küçük yerleşim alanı, genişlemiştir.