Στο Νομό Ξάνθης βρίσκεται τμήμα του Εθνικού Πάρκου Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης (ΦΕΚ 854/16-9-96 αρ. αποφ. 5796), το οποίο καλύπτει την περιοχή του Δέλτα του ποταμού Νέστου, τη λίμνη Βιστωνίδα, τη Λίμνη Ισμαρίδα και την ευρύτερη περιοχή των λιμνοθαλασσών. Πρόκειται για υγροτόπους διεθνούς σημασίας με πλούσια χλωρίδα και πανίδα. Περισσότερα από 400 είδη πουλιών έχουν καταμετρηθεί. Από αυτά άλλα είναι μόνιμοι κάτοικοι, άλλα ξεχειμωνιάζουν, ενώ υπάρχουν και πολλά που μόνο αναπαύονται εδώ κατά τα κοπιαστικό ταξίδι της μετανάστευσης. Παράλληλα, μεγάλη ποικιλία παρουσιάζουν τα ψάρια. Μόνο στην περιοχή των Λ/θσων του Πόρτο Λάγος έχουν παρατηρηθεί 34 είδη, κυρίως θαλασσινά. Υπάρχουν βέβαια και είδη του γλυκού νερού.