O ποταμός Εβρος, φυσικό σύνορο μεταξύ Ελλάδας με τη Βουλγαρία και τη Τουρκία, έχει συνολικό μήκος 530χμ. εκ των οποίων τα 230χμ. ανήκουν στην Ελλάδα. Δεύτερος μεγαλύτερος ποταμός στα Βαλκάνια μετά το Δούναβη, ο Εβρος πηγάζει από την οροσειρά Ρίλα στη Βουλγαρία και εκβάλλει στο Θρακικό πέλαγος, αρδεύοντας καθ" οδόν ολόκληρη την πεδιάδα του ομώνυμου νομού. Ο Εβρος χαρακτηρίζεται από αξιόλογη ιχθυοπανίδα και παραποτάμιες συστάδες μεγάλης οικολογικής αξίας, ενώ η γειτνίαση του υδάτινου συστήματος του ποταμού με τον ορεινό όγκο της Ροδόπης δημιούργησε μεγάλη ποικιλία βιοτόπων με πλούσια πανίδα και χλωρίδα. Η πλοήγησή του από μικρά σκάφη είναι δυνατή μέχρι το ύψος της Αδριανούπολης. Παραπόταμοι του Εβρου στην Ελλάδα είναι ο ποταμός Αρδας, ο οποίος διασχίζει την περιοχή Τριγώνου στα βόρεια του νομού, ο Ερυθροπόταμος, που περνά μέσα από τη λοφώδη και την πεδινή περιοχή των Μεταξάδων-Παλουριού και διασχίζει την πόλη του Διδυμότειχου, όπως επίσης το Διαβολόρεμα, ο Καμηλοπόταμος και το Μεγάλο Ρέμα. Ο ποταμός χαρακτηρίζεται από το μεγάλο όγκο των νερών του και των φερτών υλών που μεταφέρει προς τις εκβολές του. Οι οικότοποι της περιοχής παρουσιάζουν εξαιρετικό ενδιαφέρον, όπως και η χλωρίδα με 350 καταγεγραμμένα φυτικά είδη. Οι 4 λιμνοθάλασσες και οι αλατούχες στέπες που υπάρχουν στο δέλτα το Έβρου είναι οικότοποι προτεραιότητας σε ευρωπαϊκό επίπεδο. Η περιοχή χαρακτηρίζεται από την παρουσία 6 σημαντικών φυτικών ειδών. Μεταξύ αυτών το νεροκάστανο (Trapa natans) περιλαμβάνεται στους καταλόγους του Παγκόσμιου Κέντρου Παρακολούθησης και Διατήρησης της Φύσης (WCMC) και του Ευρωπαϊκού Ερυθρού Καταλόγου των Παγκοσμίων Απειλούμενων Ζώων και Φυτών (European Red List Data of Globally Threatened Animals and Plants, ένα είδος (Iris spuria ssp. ochroleuca) προστατεύεται από Προεδρικό Διάταγμα 67 (ΦΕΚ 23/Α/1981), 3 είδη (Cenchrus incertus, Heliotropium curassavicum, Leymus racemosus ssp. sabulosus) είναι σπάνια στην Ελλάδα και η περιοχή της Β. Ελλάδας αποτελεί το ακραίο όριο εξάπλωσής τους και ένα είδος (ο θαλάσσιος κρίνος - Pancratium maritimum) απειλείται από τις ανθρώπινες δραστηριότητες στην ακτή.