Далеч от погледа на посетителите, интересът на учените и привързаността на жителите остава колекцията на музея Фондация Папаниколау. Става дума за една уникална колекция, която успя да събере за много години покойния нотариус Папаниколау и се помещава в едноименната сграда. Сградата, както е известно, е построена върху земя, дарена от Община Комотини на благотворителна фондация, наречена "Фондация - Семейство Николау Зафириу Папаниколау - Нотариус Комотини - Духовен център - Музей - Дом на изкуствата и Комотини". Сградата, която помещава институцията, в непосредствена близост до Областния ценър се състои от сутерен и два етажа. На втория етаж, със застроена площ 886 кв. м, се помещава музеят с редки експонати, като например ръкописи върху папирус или пергамент, керамика както и артефакти от първите години на следвизантийския период, които са поставени във впечатляващи 120 големи стъклени витрини. На първия етаж е амфитеатърът с 420 места. В сутерена има изложбено помещение. На същото ниво ще бъде направена библиотека и ателиета агиография и дърворезба. За вашето посещение ще трябва да влезете в контакт с митрополита на град Комотини, която управлява сградата