Секция Б заема етажа на сградата със застроена площ от 205 кв.м. и е представен християнския град (надписи, архитектурни, мозайки, керамични съдове, монети) от разцвета на палеохристианския период до нейното намаление през 7 век сл. Хр. и окончателното опустошение след турското завоевание в края на 14 век.